同じファイル内で、「タテ」「ヨコ」の用紙の向きが混在していると、用紙の向きが切り替わったページから、1ページ目として処理されてしまいます。
ファイル内で用紙の向きが変わる場合は、複数のファイルに分けて変換を実行してください。